Instytut Językoznawstwa został powołany na mocy Zarządzenia nr 62/2019 Rektora Uniwersytetu Szczecińskiego z dnia 18 czerwca 2019 roku, a działalność rozpoczął 1 października 2019 roku. Instytut powstał w wyniku zmian w strukturze uczelni. Tworzą go językoznawcy, którzy wcześniej zatrudnieni byli w różnych jednostkach dawnego Wydziału Filologicznego, tj. w Instytucie Polonistyki, Kulturoznawstwa i Dziennikarstwa, Instytucie Anglistyki, Instytucie Filologii Słowiańskiej, Instytucie Filologii Germańskiej, Katedrze Filologii Romańskiej, Katedrze Skandynawistyki oraz Katedrze Iberystyki i Latynoamerykanistyki.